1549년 8월 15일 성모 승천 대축일에 가고시마에 도착한 성 프란치스코 하비에르는 이듬해인 1550년 가을 나가사키 현 히라도로 옮겨와 많은 이들에게 세례를 베풀었다. 1552년 성 프란치스코 하비에르가 무로마치 막부로부터 포교를 승인받은 이후 1570년 경, 현재의 나가사키 현에 해당하는 지역에 복음이 전해졌다. 성 프란치스코 하비에르가 히라도에 도착한 지 20년 만이었다.

이후 천황의 반대에도 불구하고 오다 노부나가의 원조로 천주교는 빠르게 전파되었다. 1582년 혼노지의 변으로 오다 노부나가가 사망하면서 도요토미 히데요시가 정권을 잡으면서 상황이 바뀌었다. 도요토미 히데요시는 1587년 기리시탄 금교령을 내려 교회시설을 몰수하고 선교사들을 추방하였다. 1596년 11월 예수회 바오로 미키 수사를 포함한 24명이 금교령을 어긴 죄로 체포되어 교토에서 나가사키까지 끌려갔다. 1597년 1월, 교토에서 이들을 따라온 2명을 포함하여 26명이 나가사키의 니시자카에서 순교하였다. 이들 26위는 1627년 시복되어 1862년 비오 9세 교황에 의해 시성되었다.

임진왜란(1592~1598)으로 많은 조선인 포로들이 일본으로 끌려왔다. 당시 규슈 지방의 영주들이 많이 참전하였으므로 조선인 포로들은 규슈의 나가사키, 아리마, 시마바라, 오무라, 사쓰마, 후쿠오카, 고토, 아마쿠사, 시키 등에서 살았다.

1596년 루이스 프로이스는 조선인 신자들에 대해 다음과 같이 기록하였다. "조선에서 끌려와 나가사키에 머물고 있는 남녀 포로의 다수를 교회로 인도하였다. 2년 전 1300명 이상이 세례를 받았고, 올해는 고해성사를 받았다. 그들은 거룩한 신앙에 적합한 사람들로 인간미가 있고 친절하였다"고 한다. 또 다른 기록에 의하면 "성 금요일 밤에 문을 두드리는 소리에……대단히 겸허하게 무릎을 꿇은 사람들이 '신부님 우리 조선인들만 여기 와있습니다. 어제 성목요일에 우리 포로들은 행렬에 참가할 수 없었기 때문에 하느님의 자비와 죄 사함을 얻기 위하여 여기에 와 있습니다' 그들은 이렇게 말하고 피가 나올 정도로 회초리로 때리는 고행을 했다는 것이다. 이것을 들은 사람들은 모두 눈물을 억제할 수가 없을 정도였다"고 한다.   

자신들을 위한 성당의 필요성을 느낀 조선인 천주교 신자들이 돈을 모아 나카사키 시 고라이마치에 지은 성당이 바로 성 라우렌시오 성당이다. 1610년 세르게이라 주교가 성전 봉헌식을 거행하였다.

예수회 선교사는 연례 보고서에 성 라우렌시오 성당 봉헌식에 대해 다음과 같이 기록하였다. "이 도시에는 조선인 기리시탄들이 많이 살고 있는데, 그들은 더없이 열심한 신자들로 자신들만의 특별한 성당을 지어 신앙공동체를 만들기로 하였다. 가난하지만 서로 돈을 모아 좋은 땅을 샀으나 그 이상의 능력이 없었으므로 작은 성당을 지어 성 라우렌시오에게 바쳤다. 많은 조선인과 일본인이 참석하여 엄숙하고 거룩하게 봉헌식을 거행하였다. 성당을 방문한 일본인들은 조선인 기리시탄의 신심과 영혼의 구원에 대해 일치단결한 마음에 크게 교화되었다. 조선인은 가난에도 굽히지 않고 오직 하느님과 수호성인인 성 라우렌시오와 영혼의 지복을 위해 능력 이상으로 거룩한 일을 해냈다."(①Jaspin 57 5V. 1610年年報 ②APT C-286 134V. 1610年年報)

1612년 나가사키 지역에 천주교에 대한 탄압이 시작되어 아리마, 오무라, 나가사키 등지에서 많은 신자들이 순교하였다. 성 라우렌시오 성당도 박해를 피할 수 없었다. 1620년 2월 12일, '나가사키 봉행소의 곤로쿠는 '기리시탄의 건물을 남겨놓지 않기' 위해서 마을 가운데 세워진 교회를 폐쇄하고 건물의 해체를 명령했다. 이와 함께 나가사키의 성 미카엘 성당, 모든 성인 성당, 우라가미의 성녀 글라라 성당, 만의 대안에 있는 성당이 파괴되었다. 예수회 신부들은 당시 성전 파괴에 대해 '우리들이 일본에 가지고 있던 모든 성당이 소멸했다.'고 하였다.(1620.3.20付マテオ・デ・コーロスのイエズス会総長宛報告書　ARSI  Japsin 35 138)

현재 일본 205위 복자 중 다케야 쇼자부로 코스메 가족을 포함하여 15위가 조선인이다.