그러다, 396년에 요서의 비류백제(利殘國)는 광개토태왕이 이끄는 고구려 수군의 공격을 받게 되고, 이때 위기에 처한 비류백제가 온조백제와 실질적인 합병이 이루어 진다는 학설이다. 더불어 이 때, 비류백제의 외척이던 진씨(眞氏)가 자취를 감추는데, 이는 왜로 들어가 나중에 응신천왕이 된다는 설까지 합쳐서 온조백제(백잔)와 비류백제(리잔) 그리고 왜의 연합왕국이 이 때, 성립한다는이론이다.

즉 기원전 18년에 건국된 비류백제는 광개토태왕에게 토멸된 396년까지 무려 413년간을 존속한 고대왕국이라는 말인 것이다. 이러한 비류백제의 역사가 없어진 이유는 비류백제가 온조백제와 합병되고, 80년 후 온조백제도 고구리 장수태왕의 침공을 받아 문주왕이 웅진으로 천도하면서 비류와 온조의 역사가 변조 혹은 말살되었다는 주장이다(온조계에 유리하게)

(이는 백제가 멸망 한 후, 백제의 역사를 일본의 역사에 부속시킨 일본서기의 예를 볼때, 동일한 방법을 온조백제가 비류백제에게 취해 비류의 역사를 말살한 것으로 볼 수 있다)

2) 백제 내 두개의 계파 병립설

이에 반해 백제가 원래 하나였고, 다만 같은 왕국 안에서 ‘비류계와 온조계’가 왕위 주도권 다툼을 하던 중, 온조계인 근초고왕이 요서지방에서 정변을 일으켜, 비류계인 계왕을 시해했고, 이에 계왕의 후손들과 그 추종신하들이 370년경을 전후로 현 웅진지역과 일본열도로 진출해 일본의 고대국가 야마토 왜(大和倭)의 기원이 된 것이라고 주장하는 의견도 있다. 

즉 비류백제는 일본으로 간 백제의 통칭이며 소위 일본에서 불리는 백제의 명칭 구다라(久多良)의 시원이 된다는 주장이었다. 이 학설을 보면, 초고왕계인 근초고왕 이후, 개로왕이 장수왕에게 시해당한 후, 그의 아들 문주왕 역시 웅진으로 도읍을 옮겨 재기를 도모하다, 반란에 의해 시해당하는데, 이는 미리 웅진을 장악한 비류왕계와 역시 왜를 장악한 비류왕계가 초고왕계를 제거했다는 의견이다.

백제에서 비류계 왕계를, 8대 고이왕, 9대 책계왕, 10대 분서왕, 12대 계왕, 22대 문주왕, 23대 삼근왕, 24대 동성대왕 등으로 분류하고 있다.

먼저 삼국사기에 의하면 백제의 왕통은 ①온조(46년 재위) -> ②다루(50년) -> ③기루(52년) -> ④개루(39년) -> ⑤초고(49년) -> ⑥구수(21년)까지는 태자에게 순조롭게 계승되었으나, 구수왕이 죽어 맏아들 사반이 왕위를 계승했으나 나이가 어려 정치를 할 수 없었기에 ⑦대 왕으로 개루왕의 둘째아들인 고이가 즉위하게 된다. 고이가 선왕인 구수왕의 숙부였기에 이를 비정상적인 왕위계승인 것으로 인식해, 아마 고이를 비류계로 보고 온조계와의 왕권투쟁에서 이겨 왕이 된 것으로 해석했다.

이어 ⑦고이(53년) -> ⑧책계(13년) -> ⑨분서(7년)로 이어졌다가, 304년 분서왕이 낙랑이 보낸 자객(신라라는 설도 있다)에게 해를 입어 갑자기 죽었는데, 아들 계(契)가 어려 왕위에 오르지 못하고 비류왕이 즉위했다(사실 당시 비류왕은 거의 민간인 신분이었다). 41년간 재위했던 비류왕이 죽은 후에야 분서왕의 아들인 ⑪계왕이 즉위했으나 3년 만에 죽는다. 이어 비류왕의 둘째아들인 ⑫근초고왕이 즉위하게 되는 것이다.

이를 두고 비류계인 ⑦고이왕과 ⑧책계왕과 ⑨분서왕으로 73년간 넘어갔던 왕권이 온조계인 ⑩비류왕에게 41년간 넘어갔다가 다시 비류계인 ⑪계왕에게 잠시 넘어갔다가 이를 다시 온조계인 ⑫근초고왕이 정변을 일으켜 계왕을 시해하고 정권을 되찾았다는 논리이다. 한마디로 온조계와 비류계 사이에서 왔다 갔다 하던 왕권을 근초고왕 때, 온조-초고왕계 장악하여다는 의미이고, 개로-문주왕(전자는 장수왕, 후자는 호족 병권좌평 해구)이 살해를 당하자, 다시 비류-고의왕계가 다시 정권을 획득 했다는 의미이다.

‘고구려사초략’에는 “보과(책계왕 왕후)가 자신의 정부인 비류(比流)를 왕으로 세웠다는 것이다. 비류는 고이(古尒)왕의 서자였다”라는 기록이 있는데, 책계왕비 보과는 분서왕의 모친으로 요서-대방 출신이었다. 삼국사기에는 “분서왕이 죽자 아들들이 모두 어려 대를 잇지 못하고 구수(仇首)왕의 둘째아들 비류가 나라사람들의 추대를 받아 즉위했다”고 기록되어 있는데 이는 명백한 오류의 기록이라 할 수 있다. 

왜냐하면 백제에서 6대 구수왕이 죽자 7대 고이왕이 53년간 재위했고, 8대 책계왕과 9대 분서왕이 도합 20년을 재위했다. 구수왕 사후 73년 후에 구수왕의 둘째아들 비류가 즉위해 41년간 재위했다는 의미는 비류왕이 최소 73살에 보위에 올라 114살까지 살았다는 것인바 이는 생물학적으로 맞지 않는 어불성설이기 때문이다. 따라서 비류왕은 ‘고구려사 초략’의 기록처럼 고이왕의 둘째아들로 보아야 마땅할 것이며, 서자였던 비류왕이 형수인 책계왕비 보과의 정부였기에 그녀의 도움으로 왕이 되는 기록도 자연스럽게 성립되는 것이다. 따라서 이 분류처럼 만약 고이왕이 비류계 왕권의 시작이었다면, 그 아들인 비류왕과 손자인 근초고왕과 이후 왕들도 모두 비류계가 되어야 하는 것이다. 

이는 <삼국사기> 기록에 명백한 오류가 있었음에도 그대로 해석하다보니 백제의 왕들 중 어떤 왕은 온조계이고 어떤 왕은 비류계라는 이상한 해석이 나오게 된 것이라 할 수 있다.