A급전범들이 사면되고 그 유가족들이 유족원호대상자에 포함된 후, 1966년 2월 일본 후생성(厚生省)은 야스쿠니신사에 A급전범들의 명단을 보냈다. 그리고 12년이 지난 1978년 10월 17일 야스쿠니신사는 도조 히데키(東條英機) 등 A급전범 14명을 합사하는 결정을 내렸다. A급전범이란 1931년 만주사변부터 태평양전쟁에 이르기까지의 침략전쟁을 계획하고 주도한 행위로 도쿄재판(극동국제군사재판)에서 재판받은 사람들을 말한다. 이들은 쇼와시대(昭和時代, 1926년-1989년)의 순난자(殉難者)로 인정되어 합사되었다.

13) A급전범들이 합사된 것에 대한 비난 여론이 비등하자 야스쿠니신사는 다음과 같이 답변하였다. “A급전범들이 합사되어 있는 문제에 대해 야스쿠니신사는 일절 언급하지 않겠다. 그런 도쿄재판사관에는 찬성하지 않는다.” 도쿄재판사관이란 일본이 일으킨 전쟁을 침략전쟁으로 보고 그 책임자들을 전쟁범죄자로 처벌한 도쿄재판의 정당성을 인정하는 역사관을 말한다. 야스쿠니신사는 도쿄재판사관을 명백하게 부정하였다. 그리고 일본이 일으킨 전쟁은 일본의 독립과 아시아의 해방을 위한 정의로운 전쟁이었으며, 따라서 전몰자들은 국가를 위해 전사한 영웅으로 존숭(尊崇)되어야 한다는 소위 야스쿠니사관에 입각해서 A급전범들을 합사한 것이다. 히로히토 천황은 1945년 11월부터 1975년 11월까지 8회에 걸쳐 야스쿠니신사를 참배했다. 그는 A급전범들이 합사된 것이 알려진 이후 참배를 중단하였는데, 이는 전범들에 대한 참배로 인해 자신의 전쟁책임이 다시 부각되는 것을 우려하였기 때문이다.

1980년 10월 17일 일본 정부는 야스쿠니신사 참배와 관련하여 다음과 같이 정부의 통일견해를 밝혔다. “정부로서는 종전부터 총리 및 각료의 자격으로 야스쿠니신사에 참배하는 것은 헌법 제20조3항과의 관계로 문제가 있다는 입장을 견지해 왔다. 이러한 문제가 있다는 것은 이와 같은 참배가 합헌이냐 위헌이냐 하는 것에 대해 여러 가지 의견이 있으며, 정부로서는 위헌이라고도 합헌이라고도 단정하지 않으나, 이와 같은 참배가 위헌이 아닌가 하는 의문점은 아직도 부정할 수 없다는 것이다. 정부로서는 종전부터 문제의 성질상 신중한 입장을 취해, 각료의 자격으로 야스쿠니신사를 참배하는 것을 삼가는 것을 일관된 방침으로 지켜왔다.”

그러나 1985년 8월 15일 총리대신 나카소네 야스히로(中曾康弘, 1982-1987년 재임)가 각료 18명과 함께 야스쿠니신사를 공식참배하였다. 이것이 국회에서 논란이 되자, 같은 달 20일 국회에서 관방장관은 다음과 같이 답변하였다. “이번에 ‘각료의 야스쿠니신사 참배문제에 관한 간담회’로부터 보고서가 제출되어, 정부는 이것을 참고로 해서 충분히 검토한 결과, 총리와 각료가 각료의 자격으로 전몰자에 대한 추도를 목적으로 야스쿠니신사의 신전에 대해 한 번 배례하는 방식으로 참배하는 것은 헌법 제20조3항의 규정에 위반하지 않는다는 판단에 도달했기 때문에 이와 같은 참배는 삼갈 필요가 없다고 하는 결론을 얻어 1980년 10월 17일의 정부 통일견해를 변경하였다.” 신도의식은 두 번 머리를 숙이고, 두 번 손뼉을 치고, 또 다시 한 번 배례하는 것이다. 나카소네는 신도의식과 달리 한 번 배례하였기 때문에 헌법위반이 아니라는 취지다. 야스쿠니신사 참배문제가 단순히 머리 숙이고 손뼉을 치는 여부에 달려 있다는 말인가. 일본 정부가 문제의 본질을 흐리기 위해 교묘한 말장난을 하고 있음을 알 수 있다.

야스쿠니신사 참배에 가장 적극적이었던 총리대신은 고이즈미 준이치로(小泉純一郞, 2001-2006년 재임)였다. 그는 2001년 8월 13일(8월 15일을 살짝 피해서) 참배한 것을 시작으로 재임기간 중 매년 참배하였다. 고이즈미가 적극적으로 참배한 배후에는 천황주의를 강력히 내세우는 우익조직인 일본회의(日本會議)가 있는 것으로 알려져 있다. 전범들에 대한 참배를 비난하는 국제여론이 비등하자, 고이즈미는 다음과 같이 답변하였다. “나는 특정한 사람에 대해 참배하는 것이 아니다. 압도적인 다수의 전몰자분들에 대해 애도의 마음을 갖고 참배하는 것이 나쁜가. 나는 A급전범을 위해 참배하는 것이 아니다.” 오사카 고등법원은 2005년 9월 30일 고이즈미의 야스쿠니신사 참배 위헌소송에서 ‘고이즈미의 참배는 헌법 제20조3항에 위배된다’는 획기적인 판단을 하였다.

14) 야스쿠니신사 참배가 아시아 국가들의 격렬한 반대에 부딪치자 

 a) 야스쿠니신사를 비종교법인화하고 전범들을 분사하는 방안이 검토되기 시작  하였다.

 b) 비종교법인화는 정교분리원칙을 감안하여 종교색채를 제거하고 다른 외국들과 같이 국립묘지화하자는 것이다.

 c) 그러나 이에 대해서는 야스쿠니신사, 신사본청, 일본유족회가 신도의식이 유지되어야 한다는 입장을 견지하면서 반대하고 있다.

 d)전범을 분사하는 방안 역시 야스쿠니신사가 종교적인 이유를 들어 불가능하  다고 반대하고 있어 그 실현이 어려운 실정이다.

1959년 3월에 만들어진 ‘지도리가후치 전몰자 묘원’을 확대하여 국립묘지화하는 방안도 검토되고 있다. 이 묘원은 현재 유족에게 전달되지 못한 유골들을 납골하는 시설로 되어 있다. 그러나 이 방안 역시 야스쿠니신사, 일본유족회 등이 야스쿠니신사의 지위가 약화될 수 있다는 이유를 들어 강력하게 반발하고 있다.

야스쿠니신사 경내에는 전쟁사박물관인 유슈관(遊就館)이 있다. 유슈관은 소위 야스쿠니사관에 입각해서 전시 및 해설을 하고 있다.

15) 2006년 9월 미국 하원 국제관계위원회 위원장 헨리 하이드(Henry Hyde)는 야스쿠니신사문제와 관련하여 개최된 청문회에서 다음과 같이 말했다. “제2차세계대전 세대의 한사람으로서 부가한다면, 제2차세계대전에서 무엇이 일어났고, 무엇이 승리했는지에 대한 진실은 의심의 여지가 없다. 도쿄의 유슈관이 일본의 젊은 세대에게 아시아에서 제2차세계대전은 아시아와 태평양의 여러 민족을 서방 제국주의 지배로부터 해방시키기 위해 시작했다고 가르치고 있는 것은 문제가 아닐 수 없다. 나는 한국, 필리핀, 싱가포르, 솔로몬군도를 방문하여 그들과 비참한 기억에 대해 이야기했는데, 일본의 황군이 해방자였다고 기억하는 사람은 단 한사람도 없었다. 이 박물관에서 가르치고 있는 역사는 사실을 근거로 하고 있지 않으며 이를 바로잡아야 한다.”

16) 우리가 야스쿠니신사 참배를 반대하는 것은 전범이 합사되어 있다는 것 때문만이 아니다. 진짜 이유는 바로 일본의 침략전쟁이 일본의 독립을 위한 자위전쟁이었으며 아시아 해방전쟁이었다고 왜곡하는 소위 야스쿠니사관에 있다. 야스쿠니사관에 입각해서 전몰자들을 제신(祭神)으로 모시고 이들을 국가를 위해 전사한 영웅으로 현창하고 있는 신사를 일본 총리와 각료들이 참배하는 것은 일본 정부가 잘못된 역사관을 가지고 있으면서 이를 일본 국민들에게 권장하고 있다는 인식을 줄 수 있기 때문이다. 일본 전몰자들도 잘못된 정부의 정책으로 징용되어 전쟁에 참여한 피해자들임에는 분명하며, 일본 국민들이 이들에 대해 추도하는 것을 막을 수는 없다. 하지만 우선적으로 기억되어야 하는 것은 아시아의 침략당하고 억압받은 사람들이다. 일본 정부와 국민들은 아시아의 피해자들에 대해서는 일본 정부는 물론이고 일본 군인들 역시 가해자였음을 인정해야 한다. 이러한 전제하에서 일본 전몰자들에 대한 추도는 이들의 죽음에 대한 애도에 그쳐야 하며 이들을 영웅으로 현창하는 것이 되어서는 안된다는 점을 유념하여야 할 것이다.

한국인들은 나라를 빼앗긴 채 일본 정부에 의해 강제로 동원되었을 뿐이며, 일본 천황과 정부를 위해 전사한 사람들이 아니다. 따라서 이들을 일본의 전범 및 전몰자들과 합사하는 것은 본인들과 그 유족들의 명예와 인격을 훼손하는 것이라고 하지 않을 수 없다. 이 문제는 일본 법원에 청구할 사안이 아니다. 합사절차는 일본 정부와 야스쿠니신사의 협조로 이루어졌으므로 일본 정부에도 책임이 있다. 한국 정부는 한국인들의 합사에 대한 일본 정부의 책임을 추궁하고 그 명단을 삭제할 것을 요구하여야 한다.