새만금사업 기본계획이 수립된 건 1989년 11월이다. 당시 노태우 정권은 100% 농지로 활용하는 것을 골자로 한 새만금사업 기본계획을 수립, 발표했다. 이후 1991년 11월 방조제 착공을 시작했고, 착공 15년만인 2006년 4월 방조제 최종 연결공사(물막이 공사)를 완료했다.
새만금사업은 당초 목표와 달리 2000년대 들면서 쌀 소비량의 감소, 수입 농산물의 증가 등 대내외 환경이 변화함에 따라 사업 목표가 바뀌었다. 2007년 12월에 이 사업은 농지 확보가 아닌 두바이와 마카오를 모델로 하는 개발도시 조성사업으로 사업 성격이 바뀌었다.
2010년에는 국무총리실 새만금사업추진기획단이 2008년 10월 ‘새만금 내부개발 기본구상 변경’을 통해 용지 비율을 기존의 농업용지 100%에서 농업용 7 비농업용 3으로, 다시 농업용 3 비농업용 7비율로 축소, 전환하고 개발 방향도 농지조성에서 동북아 경제중심지를 겨냥한 복합개발로 대폭 수정했다. 그럼에도 새만금 종합개발계획은 2011년 3월에 이르러서야 확정됐다. 2013년 9월 새만금개발청이 개청돼 개발 업무가 이관됐으며, 2018년에는 새만금개발공사가 출범했다.
새만금사업은 전라북도가 용지 매수 및 어업권 보상 업무에 적극 나섰지만 사업의 최대 피해자는 전북 어업인들이었다. 서울시 면적의 약 67%에 해당하는 간척지가 새롭게 조성되는 사업이 전개되면서 김제시는 37km에 달하는 해안선이 모두 사라지게 됐다. 그리고 부안군은 변산반도 북쪽의 해안선을, 군산시는 비응도 동쪽의 해안선을 모두 잃어버렸다.