나포 사실을 무전으로 들은 중국 어선 26척은 1505함과 노영어호의 진로를 방해하기 시작했다. 급기야 중국 어선 3척에서 손도끼와 쇠파이프 등으로 무장한 선원 수십 명이 노영어호로 옮겨 탔다. 이들은 노영어호에 타고 있던 해경 10명에게 무차별적으로 무기를 휘둘렀다. 해경은 유탄발사기·섬광폭음탄·삼단봉으로 대항했지만 역부족이었다. 해경은 권총 네 자루를 갖고 있었지만 뒤탈을 우려해 사용하지 않았다. 결국 백모(30) 순경 왼팔이 부러져 전치 7주의 중상을 입었고, 4명은 전치 2주의 부상을 입었다. 생명에 위협을 느낀 해경 10명은 노영어호를 포기하고 도망치듯 고속단정을 타고 1505경비함으로 돌아왔다. 노영어호는 중국 쪽으로 도주했다.

중국 어선들은 여기서 끝내지 않았다. 오전 6시 40분부터 8시 10분까지 중국 어선 26척은 1505경비함을 30여㎞가량 밀집대형으로 쫓아오며 무전으로 "체포된 중국 선원을 석방하라"고 요구했다. 이들은 1505함의 진로를 방해하며 정지시키려 했다.

오전 8시 10분쯤 1505함의 지원 요청을 받은 경비함정 14척과 헬기 2대가 제주항 북서쪽 28여㎞ 지점에 도착했다.

해경 경비함과 고속단정 5대가 중국 어선들에 대한 제2차 나포 작전을 시작했다. 중국 어선들도 공격적으로 대항해 공방전이 한 시간가량 지속됐다. 오전 9시 10분쯤 해경이 위민하어50010호, 소연어283881호, 소연어283882호 등 3척 나포에 성공하자 나머지 어선들이 도주하기 시작했다. 해경의 추적은 중국 어선들이 중국 영해로 완전히 넘어간 오전 10시 50분 끝났다.

제주항으로 돌아온 해경은 불법 어로행위를 한 어선 1척과 집단 저항한 어선 2척 등 3척을 체포했다고 발표했다. 해경은 최초로 나포한 노영어2131호를 폭력을 휘두른 중국 어선들에 다시 탈취당하고, 노영어호에 타고 있던 경찰관들이 중국 선원들에게 폭행당해 도망치듯 빠져나온 사실을 숨겼다. 당시 해경은 "경찰관 5명이 중국 어선에 올라타는 과정에서 중국 선원들의 저항으로 선박에 부딪혀 부상을 입었다"고 발표했다.

제주해경 관계자는 30일 "경찰관이 작전 수행 과정에서 중국 선원들에게 폭행당했다는 사실이 알려지면 비난받을 것이 걱정돼 숨겼다"면서 "최근에는 총기를 적극 권장하고 있지만 당시에는 경찰관들이 총기를 사용하는 데 한계가 있었다"고 해명했다.

해경의 은폐 사실은 이 사건으로 구속기소된 중국인 선장 3명에 대한 재판에서 뒤늦게 밝혀졌다. 기소된 선장 3명 중 2명은 징역 1년2월, 1명은 징역 1년이 선고됐다. 노영어호에 타고 있다가 체포된 선원 6명에게는 1인당 800만원씩 벌금형이 선고됐고, 2차 작전에서 나포된 어선 3척에 타고 있던 선원 39명은 처벌 없이 추방됐다.

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