이 사건을 맡은 통감부 경시총감 마루야마(丸山重信)는 1908년 7월 4일 그동안 국채보상지원금총합소에 접 수된 기금이 14만3천여만에 달하는데 이를 61,042원 332전이라고 허위 축소 광고를 게재하였으며 또한 6만1 천원 의연금 가운데 3만원을 인천에 있는 홍콩상해은행(Hongkong & Shanghai Bank)에 예금했다가 3월말 과 4월에 2만5천원과 5천원을 인출하여 횡령하였다는 명분으로 그달 12일 밤 체포, 구속하여 18일 경성지방 재판소 검사에게 송치하였다. 그리고 이 사실, 곧‘의연금횡령사건’을 친일어용신문인『경성일보』, 『서울프레 스』(The Seoul Press), 일진회 기관지인『국민신보』에 대서특필하여 국채보상운동에 찬물을 뿌렸다. 이에 격 분한『대한매일신보』는 25일자 신문에“이는 전혀 사실무근의 설”이라는 반박 글을 실었지만 사태는 쉽게 반 전될 수 없었다. 

이 사건은 곧 재판에 회부되었고 첫 공판이 1908년 8월 31일 경성지방법원에서 개최되었다. 이날 9시 30분 에 개정된 1차 공판 재판장은 요코타(橫田定雄)였고 피고 측 변호사는 한국인 이용상(李容相)이었다. 먼저 검 사 이토(伊藤)의 논고가 있었다. 그 요지는 이렇다. 

“피고는 광무11년(1907년) 3월『대한매일신보』에 특별광고를 게재하여 기금요청을 한 후 국채보상지원금총 합소라는 단체를 결성하고 재무(財務)가 되어 1908년 4월 말까지『대한매일신보』에 접수된 기금이 132,982원 32전에 달하는데 동년 5월 30일자 신문에 총액이 61,042원 332전이라는 요지의 허위 축소 광고를 게재하고 차액 71,939원 98전 8리를 횡령하였다. 따라서 형법 595조 절도 처벌규정에 따라 처벌되어야 한다”는 것이 다. 말하자면 횡령절도죄에 해당한다는 것이다. 

이상의 검사 기소 논고 이후 동년 9월 3일 2차 공판을 시작으로 9월 29일까지 5차에 걸친 공판이 계속되었 다. 공판 과정에서 뜨거운 논쟁이 있었다. 즉 허위사실을 강요하는 재판부 측과 이에 당당하게 맞선 피고 측 (양기탁, 베델, 이용상 변호사 등) 사이에 열띤 공방이 진행되었다. 논쟁의 핵심은 피고 양기탁이 횡령했다면 그 사실을 증명한 확실한 증거를 제시하라는 것이었다. 검사 측은 이에 대한 명확한 증거물을 제시하지 못하 였다. 따라서 5차 공판 최종심에서 재판장은 결국“피고 양기탁은 무죄다”라는 최종판결을 선고하지 않을 수 없었다. 

그러나 허위사실로 밝혀졌지만 이로 인한 타격은 적지 않았다. 양기탁이 법정 진술에서 말하고 있듯“내가 14만원을 횡령했다는 검사의 논고가 모든 신문에 보도되었으므로 무죄방면이 되어도 나의 입장은 난처하다. 애초부터 누가 나에 대해 이런 중상모략을 했는지 알고 싶다”(4차 공판 진술, The Seoul Press, 1908. 9. 26) 는 말과 같이 이로 인해 양기탁 개인이 입은 타격은 물론『대한매일신보』를 비롯한 반일민족 애국인사들이 받 은 상처와 타격은 심대했음을 우리는 이후 일제의 국권강점 추진과 105인사건 등에서 확인할 수 있다.