기독교회의 반일성과 애국성을 알고 있는 일본은 경술국치 이후, 조선통치의 장애물이 기독교라 단정하고, 비인도적인 날조와 탄압으로 그 근절을 꾀하였다. 1910년 말 일본 총독 데라우치(寺內正毅)의 선천(宣川) 기착을 계기로 기독교인들이 암살을 음모했다고 날조하였다.
이 때 서북지방의 기독교인 지도자 157명을 검거하고 고문으로 공백서(供白書)를 작성, 더러는 고문치사하게 하고, 105인을 재판에 회부하여 윤치호·이승훈(李昇薰) 등 기독교계 인사와 신민회 인사들에게 실형을 선고하였다. 이것이 이른바 105인사건으로, 일본은 그 뒤 교인들에 대한 탄압을 더욱 격화시켰다.
그 밖에 일본의 조합교회에 대한 총독부 비밀자금 지급으로 조선에서의 세력확장과 상대적으로 조선교회의 약세화를 도모했으며, 1915년의 포교규칙 제정, 같은 해의 사립학교규칙 강화를 통한 기독교계 학교의 약체화를 계속 밀고나갔다.
그러나 이러한 시련 속에서도 장로교회는 1912년 총회를 조직하여 우리나라 근대사에서 처음으로 전국적인 조직을 실현하였으며, 만주·시베리아·몽고에 대한 해외선교도 착수하였고, 감리교회는 기독교의 토착화 신학을 벌써부터 발전시켜나갈 수 있었다. 교회는 이와 같은 저력으로 3·1운동에 임하였다.
1919년 3월에 이르는 동안 교회는 일본의 식민정치를 통한 조선농민의 토지수탈, 심각한 채권의 행사, 더구나 아편생산과 판매, 도덕적 퇴폐의 조장 등에 의한 민족성 해체공작에 울분을 금할 길이 없었다. 총독부의 아편생산은 막대한 양에 달했으며, 도시마다 유곽을 공금으로 건립하여 공창의 수는 한국 남자 60명에 한명 꼴이라는 놀라운 비율에 달했다.
사법 처우나 행정에서의 조선인 차별대우, 총독정치의 무단성, 만주로의 강제이민 등이 또한 3·1운동의 직접적인 원인이었다.
이에 교회는 독립선언의 기치를 내걸고 앞장서 이승훈이 천도교와의 교섭을 담당하고, 길선주·유여대(劉如大)·오화영(吳華英)·신석구(申錫九) 등 16명이 독립선언서에 서명하였으며, 안세환(安世桓)은 일본 내각 총리대신에게 선언서를 전달했다. 이필주(李弼柱)는 국내 각 영사관에 선언서 전달했으며, 현순(玄循)은 미국 대통령에게 탄원서를 전달했다.
그리고 국내 각지로의 선언서 배포 및 연락을 취하여 일제히 3·1운동에 참여하였다. 기독교 주도하의 독립시위운동은 경기도 7, 강원도 9, 경상북도 13, 경상남도 10, 전라남도 4, 황해도 24, 평안남도 10, 평안북도 16, 함경북도 11, 함경남도 13회 등 모두 117회에 달하였다.
일본은 군인과 헌병·경찰을 총동원하여 1926년 가을까지 만행을 자행하였다. 1919년 5월 총독부의 발표에 따르면, 전부 파괴된 교회당이 17동, 일부 파괴된 것이 24동, 그밖의 교회당 손해 41동, 교회재산의 손실 3만 달러, 오산중학교의 손해 5천 달러였으며, 1919년 6월 현재 투옥된 사람의 수는 기독교인 2,190명, 천도교·불교·유교인 1,556명, 기독교 교역자 151명, 천도교 직원 72명이었다.
그러나 이 통계는 사실과 거리가 먼 것으로, 1919년 10월 장로교의 피해만 해도 붙잡힌 자가 3,804명, 사살 41명, 맞아 죽은 자가 6명 그리고 파괴된 교회가 12동이었고, 함경북도에서만도 26명의 학살자가 보고된 점으로 보아, 실제 희생자와 손실은 당국의 발표와는 달리 훨씬 큰 것이었다. 이러한 일본의 만행은 선교사들에 의해서 세계 여론에 보고되었다.
미국의 교회협의회는 ≪The Korea Situation≫을 간행하여 직접 목격담·사진·보고서 등을 수록하여 그 참상을 폭로하였고, 캐나다교회에서도 일본 정부나 의회에 항의서를 제출하는 등 조선의 독립과 민주주의의 쟁취, 군국주의의 종막을 위해서 1922년까지 계속하여 노력하였다. 그리고 선교사연합공의회에서도 총독 사이토(齋藤實)가 부임하자 곧 행정개혁건의서를 제출, 일본의 총독정치에 정면 대결하였다.