원래 대한민국에서는 보광훼미리마트(전 훼미리마트 한국지부, 현 BGF리테일)가 일본 훼미리마트 본사와 제휴를 맺어 훼미리마트 브랜드로 매장을 운영하였으나 제휴사(훼미리마트)와의 라이선스 계약을 해지한 후, 2012년 8월 1일부터 이 브랜드로 변경하였다.
그러나 CU 단독으로 편의점 운영이 사실상 불가능하기에 훼미리마트 본사와의 협력관계는 유지되고 있다. 브랜드명칭 변경에 불만을 가진 가맹점주들의 요청으로 고객들의 혼란(브랜드 인지도 상실)을 막기위한 조치로써 'CU with FamilyMart'[1]라는 문구를 간판에 삽입하였다.
다만, CU는 훼미리마트와 별개의 브랜드이기에 훼미리마트에서 CU의 경영을 관여하지 않는다.