만약 막는다면 VPN으로 밝혀진 IP 자체를 차단해야하지 않을까 싶은데요.
그런데 딱히 막아야할까요?

서버에서 구현할 수 있는 방법으론
모든 vpn 서비스의 ip 리스트를 가지고 있는 것 말고는 방법이 없습니다.
서비스가 아닌 개인 vpn이면 그것도 마찬가지 리스트를 가지고 있어야 가능하고 차단은 ip 블럭입니다.
현실적으로 아주 어렵죠.

그외 쉬운 방법으로는 플러그인(스크립트가 아닌 네이티브 프로그램 - 예를 들면 IE의 경우 액티브액스 같은)을 이용하는(클라이언트에 설치하게 하는) 것 뿐입니다.
(물론 꼭 플러그인 방식은 아니더라도 프로그램을 설치를 강제하고 브라우저와 프로그램간 정보를 전달해도 되고요)