도쿄만 악취의 원인은 도심에서 흘러든 하수다. 도쿄에는 빗물과 하수를 위한 별도 배수시설이 없다. 3000만명에 이르는 도쿄 시민들이 쓰는 하수는 정화를 거쳐 도쿄만으로 배출된다. 하지만 비가 많이 와 수량이 늘면 일부 하수가 제대로 정화 처리 되지 않은 채 도쿄만으로 흘러들어갈 위험이 있다.
931년 만들어진 정화 처리 시설이 아직까지 유지되는 것도 악취를 키우는 원인이다. 도쿄 인구가 급격히 늘었지만 정화 처리 능력은 늘지 않아서다. 도쿄에 새 하수 시스템을 구축하려면 100년 이상 걸릴 것으로 내다봤다.