1904년 2월 8일, 일본 해군의 여순 기습을 시작으로 러 · 일 전쟁이 발발하였다. 전쟁이 발생하자 그해 3월 히로부미는 한국을 확실히 단속하고자 국왕 위문 특파대사로 임명되어 대한제국 황제를 배알하고 일본의 입장을 전달하였다. 히로부미의 영향으로 한국은 5월에 이르러 러시아와의 국교 단절을 선언하게 되었다.
러 · 일 전쟁 강화조약이 끝나자 히로부미는 1905년 10월 한국 왕실위문 특파대사로 임명되어 수행원 쓰즈키 게이로쿠(都筑馨六) 등을 데리고 와서 한일협약을 체결하였다. 그는 한국의 외교권을 박탈하여 일본의 관할하에 두었고, 같은 해 12월에는 한국에 통감부를 설치하여 초대 통감의 자리에 올랐다. 그는 만년에 한국을 식민지화하는 기초를 다지는 데에 종사하였던 것이다. 1907년 8월에 히로부미가 동경으로 돌아왔을 때는 마치 개선장군과도 같은 환영을 받고, 곧 공작으로 승진하였다.