이러한 곳에서 공연을 했다는 것은 그러한 정신에 동의를 넘어 응원한다는 의미가 되기 때문에 논란이 되고 있다. 실제로 영상을 보면 관람객 대부분이 야스쿠니 신사 참배객들이다.
12년 전의 영상이니 지금 멤버들과는 상관이 없지 않냐는 의견이 있으나, 프로듀스48에서 콜라보를 하는 건 AKB48이라는 브랜드이며, AKB48이라는 그룹이 그러한 일을 했다는 사실은 변치 않는다. 또한 12년 전도 지금도 AKB48을 프로듀싱하는 프로듀서와 그 주변 간부들은 그대로이며, 그들이 저 공연을 성사시켰다는 것이 사실이다. 즉 야스쿠니 신사에서의 공연을 주도한 이들과 협업하고, 그러한 공연을 한 그룹의 이름을 방송명에 달고 방송을 한다는 것이 문제가 되고 있는 것이다.
3. 이타노 토모미, 시마자키 하루카 야스쿠니 신사 참배
2013년 1월 1일 친한 선후배 사이인 이타노 토모미와 시마자키 하루카가 야스쿠니 신사를 참배하여 한국 팬덤에서 논란이 되었고 일부 웹사이트에서는 '우익 인증'이라며 강하게 비판하였다. 한편 바이두 등 중국 웹사이트에서도 우려를 표하는 목소리도 있었다.
야스쿠니 신사의 역사에 대해서 알고 참배했든, 역사에 대해서 관심이 없고 단순히 바빠서 교통이 편리하다는 이유로 참배했던 이 일은 잘못된 일임이 틀림없다. 두 멤버는 반드시 반성해야 한다.