지구년 2058년, 아프리카등 전세계에서 인간이 진화된 외계인에 의해 유전적으로 조작되었다는 사실을 보여주는 유물이 발견되고 또 이 '외계창조주'가 지구의 대기를 생명에 맞게 바꾸었다는 사실을 인류는 알게 됩니다. 그리고 창조주 남긴 암호를 풀고 창조주를 찾아 나서게 됩니다.
몇달 후 Weyland Corp(웨이랜드 유타니)는 프로메테우스호를 창조주(스페이스 조키)와의 첫조우를 위해 우주로 쏘아올리는데 이 우주선은 빛보다 빠른 추진력에 힘입어 몇년후에 'Zeta Riticuli' 행성계에 진입하고 드디어 창조주와 만나게 되어 다른 세계의 환상적인 구경을 하게 됩니다. 외계창조주들은 자신들이 창조한 생명체중 최초로 자신들을 찾아올 정도로 상당한 문명수준에 다다른 자신의 '아이들'을 자랑스럽게 여기죠.
보상으로 그들은 놀라운 바이오 기술들은 조금씩 알려주는데 프로메테우스의 한 승무원은 불만족스러운 나머지 신의 힘에 버금가는 기술을 몰래 훔치게 됩니다. 문제는 이 외계창조주들은 과학자인 동시에 용서없는 정복자로서 자신의 창조물을 동등하게 생각지 않는 '세계의 파괴자'이기도 하죠. 그래서 그들은 식민지화전에 그 세계를 청소하는 역할을 하는 창조물, 즉 궁극의 생체무기를 승무원들에게 투입합니다. (생체무기가 무언지 다들 ㅋㅋ)
그런데 도중에 뭔가가 잘못되어 승무원들은 그 생체무기를 창조자들에게 꺼꾸로 돌리는데 성공하고 파라다이스 (외계창조주가 사는 세상)는 멸망하게 됩니다. 남은 프로메테우스 승무원들은 이 멸망한 혹성을 탈출하게 되는데 그 뒤를 쫓아 외계창조주들이 궁극의 미션을 가지고 출발합니다. 신들의 분노를 지구에 내리기 위해. (이게 바로 에일리언 1편서 인류가 멸망의 씨를 만나게 되는 출발이 되겠죠)
끝으로 인류의 기원을 찾아나서는 Weyland Corp(웨이랜드 유타니)는 후에 시고니위버를 고용한 회사이죠 에일리언에 그토록 집착하는... 대략에 인터넷에 공개된 줄거리이지만 영화를 봐야 알겠죠 ㅋㅋ