nand(플래시) 기반 드라이브에 로우레벨 포맷이란 개념은 없습니다.
ata 명령 에뮬레이션을 해주니 hdd용 툴을 돌릴 수는 있지만 hdd와는 동작이 다르죠. 오래 걸리는 이유도 하드처럼 자성 배열하려고 0과 1을 반복 기록하고 스핀들 속도 체크 하고 있지도 않는 갭관련 등의 관련 없는 짓을 하고 있기 때문이고.
일단 시작하셨으니 시간이 걸리더라도 결과를 보세요.
포맷하라거나 인식불능인 이유는 몇가지 있을 수 있는데
부트섹터나 파티션 테이블이 깨진 경우나 윈도우 상에서 인식못하는 파일시스템인 경우(앞서 언급한 부분이 깨져 잘못 인식되는 경우 포함) 등의 논리적인 경우와
드라이버 정보-oem 영역(cdrom 에뮬레이션 등)이나 용량/부트 섹터 등의 메모리 구동정보-를 별도로 기록하는 경우 그 부분이 맛이 갔거나, wear-leveling을 지원하지 않는 저가 급조 제품(싸구려 microSD 등에 많음)에서 0번 섹터에 해당하는 셀이 고장났거나 등등입니다.
전자의 문제는 diskpart명령이나 디스크 관리 서비스에서 초기화만으로 저런 프로그램 돌리는 것과 같은 효과를, 후자의 경우는 저런 프로그램으로도 해결이 안되며 제조사(혹은 드라이브에 사용된 칩셋 제조사) 제공툴이나 플래시 드라이브 fix 툴 등으로 해결하는 것이 맞습니다(제품에 따라서는 100% 해결 가능한 것은 아니죠).