FIFA는 산하 협회의 독립적인 운영을 특히 중시.
FIFA는 이를 위반한 협회에 대해서는 자격 정지 등 징계를 내림.
2015년 쿠웨이트 정부가 자국 체육단체의 행정에 개입할 수 있도록 체육 관련 법률을 개정하자 FIFA는 쿠웨이트축구협회의 자격을 정지해 국제대회 출전권을 회수.
FIFA는 지난해 3월 이슬람 나라인 인도네시아에서 개최될 예정이던 20세 이하(U-20) 월드컵이 이스라엘 대표팀의 입국 문제로 정치·종교적 갈등을 빚자 아예 개최권을 박탈.
축구계를 넘어 사회적 이슈로까지 번진 사태에 대해
대한민국축구협회가 FIFA 정관을 구실로 외부 감시와 견제를 회피하려 한다는 지적이 나오고 있음.