상부지휘구조를 개편하는데 중점을 두고 있는 국방개혁에 대해 논란이 일고 있다. 

그 가운데서도 현재 군령권과 군정권으로 이원화되어 있는 지휘체계를 일원화하는 문제로 갈등이 끊이지 않고 있는 것으로 알려져 있다. 여기서 군정권은 인사R28;교육 등 양병(養兵)을 의미하는 것이고, 군령은 작전운용 즉 용병(用兵)을 의미한다. 

그런데 우리 군은 지난 1990년 818계획에 따라 군령분야는 ‘장관→합참의장→작전부대’로 군정분야는 ‘장관→각 군 참모총장→예하부대’로 나누어 운영해 왔다. 그러나 모든 업무가 생각처럼 군령과 군정으로 깔끔하게 구분되어 지지 않아 결국 업무의 중첩이 이뤄지고 비효율성이 늘어났으며 조직은 비대해지고 말았다. 

한 언론이 보도한 것을 보면 각 군 본부는 지원조직임에도 전쟁을 수행하는 합참에 비해 중령이상 장교가 3배 이상 많고, 중복된 보직이 많다고 한다.

현재의 조직으로 그대로 간다면 전쟁이 일어났을 때 각 군 참모총장들은 후방지원이나 하면서 구경만 해야 한다는 것이다.

하지만 실제로는 어떤 형태로든 각군 참모총장들은 작전에 관여하게 될 것이기 때문에 혼선이 빚어질 가능성이 커 보인다. 더구나 전작권이 전환될 경우에 그 도는 심화될 수밖에 없다. 

따라서 이번 기회에 작전 지휘관계를 일원화하여 이런 혼선이 야기되지 않도록 해야 할 것이다.