물리적 용어로는 레일건은 Lorentz (Magnetic) Force, 코일건은 Magnetic Dipole Moment Interaction을 이용한 것입니다.
구조적으로 보자면 레일건은 두개의 나란하게 놓여진 와이어가 있고 각각 반대방향으로 전류가 흐르면 그로 인해 그 사이에서 한방향으로의 자기장이 발생하게 되는데 거기에 전류(전하의흐름)가 흐르는 물건을 두면 힘을 받게 되는데요 그런식으로 탄체를 가속시키는 방식입니다.
이에 반해 코일건은 깔려있는 원리가 두개의 자석을 마주보게 했을때 같은극끼리는 척력이 다른극끼리는 인력을 받는것과 같습니다. 단 코일에 흐르는 전류로 솔레노이드를 구성하고 여기에 스위칭을 통해 극성을 바꾸거나 껐다켰수 있는 하나의 자석(가속부)을 만들고 거기에 또다른 영구자석(강자성체) 또는 유도자석를 가속체로 해서 추진시키는 방식입니다. 엘론머스크가 만들고 있는 하이퍼루프가 이와같은 방식과 유사합니다.
그리고 위에분 말씀대로 레일건은 추진체가 전도성 물질(그래야 전류가 흐를테니까요)인데 반해 코일건은 자성을 띈 물질입니다.
레일건은 두개의 와이어를 통해 흐르는 전류가 선형인 대신 그 주변의 자기장은 튜브모양의 솔레노이드 형태를 띄게됩니다. 따라서 추진체가 움직이는 공간내에서 추진체의 진행방향과 자기장의 방향은 서로 수직이게 됩니다. 이에 반해 코일건은 주변의 전류자체가 솔레이노이드 형태지만 솔레노이드 안의 자기장은 선형형태를 가집니다. 따라서 추진체의 방향과 자기장의 방향은 추진체가 움직이는 공간내에서는 서로 평행합니다.