시간과 주유소 설치가 많이 이뤄져야 활성화 됨.

수소 생산 과정이 친환경적이지 않음.
수소 충전에 시간이 많이 필요함.
한국뿐만 아니라 전세계적으로 수소충전소가 우후죽순처럼 많이 생겨나야함.

수소생산과정은 친환경적임.
수소충전시간은 지금으 그 어떤 전기차 보다 월등히 빠름, 또한 계속해서 줄어들음.
전세계적으로 수소충전소기 계속 늘어나고 있음.

이산화탄소 배출
수소자동차는 매연이나 이산화탄소를 배출하지 않지만 수소를 생산하는 과정에서 온실가스인 이산화탄소를 대량으로 배출하므로 결코 탄소 발자국이 낮지 않고 친환경도 아니다. 현재 수소를 생산할 수 있는 방법 자체는 많이 있지만 전기분해는 경제성이 낮고 대량생산과 경제성을 확보하려면 천연가스 개질법 등의 화석연료를 가공한 방법이 최선이다. 그러나 이 방법들은 필연적으로 온실가스를 배출하고 결정적으로 화석연료 의존도를 낮출 수가 없다는 문제가 있어서 대체연료를 쓰는 의미가 없어져 버린다. 또한 이산화탄소 포집 등의 각종 탄소저감기술은 아직 대규모로 경제적으로 하기 힘들뿐더러, 수소의 생산은 민간에서 하기 때문에 탄소저감을 안해버리면 그만이고 법으로 강제한다면 가격을 올려받을 좋은 이유가 된다.

일부 석유 정제, 분해 공정에서 부산물로 생성되는 수소를 활용하자는 의견도 있지만 석유 정제 과정에서 나오는 수소는 대부분 탈황공정이나 휘발유 개질(크래킹)의 수소첨가 등에 대부분 자가 소모되어 따로 판매할만큼 남지 않고 판매되는 것은 대부분 나프타 분해공정의 부산물로 나오는 부생수소이다. 현재 한국에서 부생수소 연간 판매량은 26 만톤 가량으로 이중 1/3 정도를 수소자동차 용으로 쓴다고 해도 연간 43만대 정도의 승용차를 운행할 정도 밖에 안되고 이는 2000만대가 넘는 차량의 2% 밖에 되지 않는다. 또한 그렇게 수소가 부산물로 나오는 산업은 애당초 수소생산이 목적이 아니기 때문에 이를 위주로 대량생산을 할 수도 없고 기존의 수요가 어디로 가는 것도 아니므로 경제성이 확보 되는 것도 아니다. 결국 현재 공짜나 마찬가지인 부생수소 생산량이 부족해질 정도로 수소차가 대량보급되면 결국 천연가스를 변환해 사용할 수 밖에 없다.

수소 충전소 인프라 부족
현재로는 전국에 수소 충전소가 12 군데 밖에 없어 충전하기도 매우 어렵다. 환경부는 22개로 늘릴 계획이라고 하지만 그래도 절대적으로 부족하기는 마찬가지. 폭발 시 안전거리 확보가 필수적이며 안전성 확보를 위한 자동화된 감시 장치가 필수적이고 관리를 위한 전문인력을 고용해야 한다. 충전도 아무나 할 수 없고 교육을 받은 전문인력이 해야 한다. 이 때문에 도심지와 인구 밀집지에 설치가 곤란하며 설치 및 운영 비용이 상당히 높다. [2] 또 수소는 아무리 고압 금속탱크에 저장 하더라도 워낙 분자량이 작아 벽을 통해 조금씩 새나온다. 새어 나오는 양 자체는 환기등 적절한 대책을 세우면 안전에 문제가 될 정도는 아니지만 석유나 천연가스에 비해 파이프인이나 유조선, 충전소 등 장거리 수송이나 장기간 저장하려면 경제적으로 손실이 많을 수 밖에 없다.

또한 수소 인프라 구축이 대대적으로 이루어져야 하므로 많은 비용이 들게 되며, 특히 수소의 특성으로 인해 다른 에너지보다 충전시설의 규모당 초기비용이 훨씬 커지는 문제가 있다. 수소충전소 1군데 건설에 약 30억원이 든다고 한다. 또한 수소는 장기적으로 금속을 점차 약하게 하므로 안전성을 확보하기위해 정기적으로 탱크와 파이프 라인 등을 교체해주어야 하므로 수명이 짧고 유지보수비가 높다. 전기자동차의 경우도 인프라 구축이 필요한 것은 마찬가지지만 그 난이도가 수소 에너지에 비해 엄청나게 낮으며 유지하기도 훨씬 쉽다. 전기 자체가 다루기가 쉽다보니 필요하면 아예 무인 충전소로 만들기도 쉽다.