석해균 선장이 대한민국 UDT 대원들의 총에 맞아 부상을 입었다는 이야기가 나돌던 가운데 한나라당은 공식 논평을 통해 '인터넷에 떠도는 유언비어'라고 주장한 바 있다.[24] 하지만 석선장을 치료하는 과정에서 총상중 대한민국 UDT 대원들이 사용하는 총알도 한발이 끼어있던것으로 드러나면서 유탄인지, 오인사격인지에 대한 논란이 일었고, 한나라당의 논평이 성급한것 아니었냐는 지적도 일었다.[25] 의료진이 치료 과정에서 석선장의 총상에서 발견된 탄을 분실하면서 '무리한 작전으로 인해 오인 사격을 가해놓고 비판여론을 숨기려 일부러 탄환을 숨기려 한것 아니냐'는 의혹이 제기되기도 했다.[26] 또한 정부가 작전 성공을 홍보하는 과정에서 석해균 선장의 부상을 축소한것 아니냐는 의혹이 민주당에 의해 제기되기도 했다.[27]
한나라당 안형환 대변인은 6일 공식 논평을 통해 “우리 UDT 대원이 사격을 했다는 허위사실이 인터넷에 떠돌았다”며 “버젓이 그 주장을 하는 사람들은 대체 어느 나라 사람들이고, 어떤 의도를 가지고 있는지 분노하지 않을 수 없다”고 강하게 비난했다.
그러나 하루 뒤 실제 탄환 1발이 아군이 사용하는 탄환으로 밝혀져 한나라당의 공식 논평의 성급함과 인터넷 의견을 무조건적으로 유언비어로 몰고가는 정부 여당의 태도에 대해 비난의 목소리가 높아지고 있다.
전병헌 정책위의장은 영등포 당사에서 열린 최고위원회의에서 “이명박 정부는 이번 작전의 세부내용 등 군사기밀을 노출해가며 홍보에 열을 올렸으나 부상자 치유에는 매우 소홀했고 (석 선장의 병세를) 축소했다는 은폐 의혹을 받기에 충분하다”고 지적했다. 그러면서 “만약 석 선장이 생명을 잃으면 ‘아덴만 여명작전’의 군사기밀 유출 문제와 함께 전 내막에 대해 국정조사를 해서라도 밝혀야 한다”고 말했다.
전 정책위의장은 “석 선장은 보다 수준 높은 치료를 받지 않으면 위독하다는 것이 현지에서의 언론 취재 결과”라며 “사건 종료 5일이 지나서야 그것도 직항기가 아닌 민항기로 두바이를 경유해 의료진을 파견하는 등 참으로 소홀하게 관리를 하고 있다”고 비판했다.
조배숙 최고위원도 “처음 진압작전에 성공했을 때 석 선장이 부상했지만 생명에는 지장이 없다고 했는데 지금 총알이 6발 이상 박힌 것 중 두 발만 제거하고 상당히 위중하다고 한다”면서 “승리 분위기에 도취돼 해적 진압 동영상을 상영하는 데 찬물을 끼얹고 싶지 않아 생명에 지장이 없다고 한 것 아니냐”고 병세 축소 의혹을 제기했다.