http://mnews.jtbc.joins.com/News/Article.aspx?news_id=NB11472033
정부조직법에 따라 대통령은 행정기관의 장, 그러니까 법무부장관을 지휘합니다.

검찰청법에 따라 법무부장관은 구체적 사건에 대해 검찰총장을 지휘합니다. 그리고 검찰총장은 검사를 지휘합니다. 

그러니까 대통령은 행정부 수반으로서 간접적으로 행정부 소속의 검찰을 지시할 수 있는 거죠. 
------
개입할 수는 있습니다
하지만 그럴만한 명분이 필요하고 세세한 것 까지 지시하는 것은 월권이 될 수 있겠죠

적당히 합시다
같은 말을 길게도 써놨네요

총리는 이미 지휘하고 있습니다.....
소신껏/적법하게 조사하라고............<- 이건 지휘하는게 아님????

검찰은 행정부 소속이긴 하지만 준사법기관입니다.
즉, 행정부 소속임에도 불구하고 사법기관의 성격도 가지므로 그 독립성이 매우 중요합니다.
하지만 우리나라 법이 뭣 같아서 검사동일체의 원칙이 존재했습니다.
즉, 검사는 한명 한명이 독립된 기관임에도 불구하고 "상사의 명령에 복종하여"라는 문구를 넣어 사실상 권력자가 수사에 부당하게 개입할 수 있는 창구를 만들어 정치검사를 양산했고 이를 부당하게 여겨 법을 개정해서 "상급자의 지휘,감독을 따른다'고 바꾸었으나 여전히 개차반입니다.
검찰이 준사법기관이란 성격을 고려할 때 총리든 법무부 장관이든 검찰총장이든 개별 사건에 대한 지나친 간섭을 최대한 지양해야합니다.
총리 보고 개별사건에 개입하라는 것은 정치검사를 당연하게 생각하는 구태정치인이나 할 법한 생각인 것이죠.
특히 이번 건의 경우 개입하게 되면 월권이 될 여지가 많습니다.