2007년 남북 정상회담에서 노무현 정부가 서해 NLL(북방한계선)을 지키려는 의지가 있었느냐는 논란과 관련, 문재인 민주당 대선 후보는 "10·4 정상선언에서 합의한 남북공동어로구역은 NLL을 기선으로 해서 남북으로 등거리·등면적으로 만들자는 것이었다"고 하고 있다. 그러나 이에 대해 새누리당은 18일 "노무현 정권 핵심부에선 등거리·등면적을 지킬 의사가 없었다"며 이재정 당시 통일부장관의 국회 발언을 근거의 하나로 들었다. 이 전 장관은 문재인 후보 캠프의 남북경제연합위원회 위원이다.

2007년 10월 17일 통일부 국감 회의록에 따르면, 대통합민주신당 이화영 의원이 "(공동어로구역은) NLL을 기준으로 해서 등거리·등면적이 될 가능성이 매우 높지요?" 하고 묻자, 이 장관은 "등거리·등면적 원칙을 정해서 논의한다는 것은 적절치 않다고 판단한다"고 말했다.

또 그 직후인 11월 1일 노무현 대통령은 NLL에 대해 "괜히 어릴 적 땅따먹기할 때 줄 그어놓고 네 땅 내 땅 그러는 것과 같다"고도 했다. 이어 11월 28일부터 국방장관 회담이 열렸지만, 국방부와 여론의 반발, 대선을 앞둔 상황 등이 작용해 공동어로구역 협상은 성사되지 못했다. 북한은 당시 회담에서 등거리·등면적이 아니라 "NLL 남쪽으로만 공동어로구역을 둬야 한다"고 주장한 것으로 알려졌다.

이런 당시 상황에 대해 문재인 후보는 지난 15일과 17일 "NLL을 기선으로 등거리 또는 등면적을 공동구역으로 합의했다는 것 자체가 기존 NLL을 그대로 고수했다는 것"이라며 "평화와 실리까지 받아낸 참으로 훌륭한 합의"라고 했다. 그러나 이상일 새누리당 대변인은 "당시 등거리 원칙을 유지할 생각이 없었는데 국방장관 회담에서 NLL을 지킬 수 있었던 것도 김장수 당시 국방장관과 군사 당국자들이 버텼기 때문"이라고 말했다.