그가 삭제한 자료 중에는 월성 1호기 조기 폐쇄 및 즉시 가동중단 결정 과정에서 청와대와 협의했던 사안이나 한국수력원자력(한수원) 사장 면담 내용 등이 포함돼 있다.

공판에 직접 나선 수사팀 검사는 "오해의 소지가 있거나 황당한 자료는 정리했으면 좋겠다는 A씨 지시가 있었다는 점을 (C씨가) 인정했다"며 "원전 즉시 가동중단은 청와대와 직접적으로 관련 있기 때문에 감사원에 제출되면 파장이 클 것 같으니 제출하지 말자고 (A씨 등이) 말했다는 진술도 있다"고 밝혔다.

2018년 4월 2일 문재인 대통령의 '월성 1호기 영구 가동중단은 언제 결정할 계획인가요'라는 하문 이후 백운규 전 산업부 장관 등이 즉시 가동중단 추진을 부처 최대 현안 중 하나로 삼은 상황에서, 감사에서 문제가 되지 않을지 산업부 실무진이 우려하면서 자료 삭제를 통해 감사를 방해했다는 게 검찰 판단이다.

'청와대와 장관이 책임져야 할 일인데, 실무진만 감사를 받게 돼 짱(짜증) 난다'는 일부 피의자 등의 온라인 대화 사실도 있다고 검찰은 밝혔다.

수사팀 검사는 "지난해 산업부 등에 대한 압수수색 다음 날(11월 6일) 서울 모처에 피의자 3명을 포함한 산업부 관계자 등이 모여 수사 관련 논의를 하기도 했다"며 "A씨 등은 또 휴대전화에 포렌식 방지 애플리케이션(앱)을 깔고 주기적으로 대화를 삭제한 사실도 있다"고 말했다.

한수원 이사 중 월성 원전 1호기 조기 폐쇄에 홀로 반대한 조성진 경성대 교수가 국정감사 등에 출석해 증언할 것을 대비해 '비판적 질의를 준비해야 한다'는 취지의 논의도 산업부 내에 있었다고 검찰은 덧붙였다.