DJ정권은 안기부를 국가정보원으로 바꾸고 대대적인 내부 물갈이를 실시했다. 국정원 출신인 새누리당 이철우 의원은 “김대중 정부 초대 국정원장이었던 이종찬 원장 시절 대구·경북 출신 500여 명을 비롯해 약 800여 명의 직원이 옷을 벗었다”고 말했다.
DJ 국정원은 휴대전화를 도청하기 위해 33억원을 들여 감청장비를 개발한 뒤 2000년부터 2002년 사이 정치인·고위공무원 등 1800여 명의 통화 내용을 감청했다. 이 같은 사실은 2005년 국정원 불법 도청 사건이 터지면서 드러났으며, 임동원·신건 원장은 불법인 줄 알면서 도·감청 내용을 보고받고 첩보 수집을 지시한 혐의로 구속돼 징역 3년(집행유예 4년)을 선고받았다.한편 DJ는 부한에 연관된 휴민트를 말살하는데 열을 올려 남한은 물론 북한에 개척해 놓은 북한 휴민트 인사까지 사형수청하게 하였다. 노벨평화상에 미친 개새기였다