요나구니를 인공적인 구조물이라고 볼수 없는 이유는 인위적인 구조물이라면 여러 암석들의 조합이어야 하는데 주변의 사암과 같은 암석이고 자연적으로 평행으로 각지게 떨어져 나가는 암석의 특징이 있기 때문이죠.
요나구니는 40미터 수면 아래에 있는데 만약에 이게 문명의 흔적이 되려면 빙하기 이전에 수면이 낮아 지상으로 돌출 되었을 시기로 1만년 이전의 문명이라는 얘긴데 여기서 부터 오류가 발생하죠.
고대문명으로 인정받으려면 암각화나 상형문자, 조각이나 도구, 인위적인 구조물의 조합 같은 게 하나라도 발견되어야 하는데 안타깝게도 요나구니는 거기에 충족될만한 게 하나도 없죠.