경찰은 14일 밤에 은폐를 위하여 화장할 계획이었으나, 최환 부장 검사는 사체보존명령을 내렸다. 사건 지휘는 그날 밤 당직이었던 안상수 검사가 맡았다.

1987년 1월 15일 오후 6시가 넘어 한양대 병원에서 부검했다. 부검결과 온몸에 피멍이 들고 엄지와 검지간 출혈 흔적과 사타구니, 폐 등이 훼손되어 있었으며 복부가 부풀어 있고 폐에서 수포음이 들렸다. 부검은 국립과학수사연구소 부검의 황적준 박사, 한양대 박동호 교수가 맡았다. 경찰의 협박과 회유를 물리치고 1월 17일 황적준 박사는 보고서를 작성했으며, 1년 뒤 부검과정에서 받았던 경찰의 회유와 협박을 받은 내용을 적은 일기장을 언론에 공개하여 강민창 치안본부장이 구속되었다.[2][3]

전기고문과 물고문에 의한 살인 사실을 숨길 수 없게 된 경찰은 서둘러 조한경 등 2명이 박종철군을 물고문하여 살해했다고 이 사건에 관하여 축소 은폐 보도를 하고, 가족 허락도 없이 벽제 화장터에서 시신을 화장해 버리는 등 증거인멸을 시도했다.

사건 수습을 위해 내무부 장관에 임명된 정호용은 “사람이 사람을 어떻게 때리느냐”며 고문이 있었다는 사실을 부인했는데, 그는 광주 민주화 운동 당시 특전사령관으로 민중 학살의 책임자중 하나로 지목되던 사람이었기에 이 말 역시 한동안 사람들 입에 오르내렸다.

한편 당시 전민련 상임의장이였던 이부영과 천주교 정의구현 전국사제단의 노력으로[4] 1987년 5월 18일 광주민주화운동 7주기 추도미사 도중 김승훈 신부가 박종철 고문치사사건의 진상이 조작되었음을 폭로하였다. 대공경찰의 대부라는 치안본부 5차장 박처원의 주도 아래 모두 5명이 가담한 고문치사사건을 단 2명만이 고문에 가담한 것으로 꾸미고, 총대를 멘 2명에게는 거액의 돈을 주었다는 사실이 새롭게 밝혀졌다.[5]

박종철 고문치사사건을 계기로 성공회 서울주교좌대성당(대한 성공회 서울교구,주임사제:이한우 바우로 신부)에서 6월 항쟁이 시작되었기 때문에, 박종철 고문치사 사건은 6월 항쟁의 직접적인 도화선이 되었다고 평가받는다.

당시 경찰이 박종철을 고문하여 소재를 밝히려 했던 장본인 박종운은, 이후 한나라당 지구당 위원장을 지냈고 국회의원 선거에도 출마하여 논란이 일었다.[6]
수사를 지휘했던 신창언 검사는 이후 민자당(현 자유한국당의 전신)의 추천으로 헌법재판관을 지냈다.[7]
담당 검사였던 박상옥은 2015년 박근혜 정권에서 대법관 후보자로 지명되었다. 당시 박상옥 검사는 사건이 축소, 은폐된 사실을 알고도 수사를 확대하지 않았던 것으로 드러나 논란을 빚었다.[8]
담당 검사였던 안상수는 한나라당 당대표를 역임했으며, 현 창원시장으로 선출되었다. 안상수는 수사 당시 사건 은폐에 가담한 것으로 알려져 논란이 일었다.[9][10]

http://www.hani.co.kr/arti/politics/politics_general/514632.html

http://www.knnews.co.kr/news/articleView.php?idxno=227882

박처원이라는 인물

http://imnews.imbc.com/20dbnews/history/1999/1789286_19514.html

이게 제일 가슴아픈 일이죠.